La laguna di Lesina, compresa all'interno del Sito di Importanza Comunitaria “Duna e Lago di Lesina – Foce del Fortore" rappresenta un biotopo di particolare pregio naturalistico e ornitologico, perché, tra l'altro, comprende un ambiente umido particolarmente adatto alla sosta ed al rifugio di numerosi uccelli migratori: la laguna di Lesina è infatti una delle più importanti tappe lungo la rotta di migrazione principale degli uccelli acquatici tra Europa ed Africa e, insieme alla vicina laguna di Varano, ogni anno ospita normalmente più di 20.000 individui di oltre 200 specie (molte delle quali comprese nella Direttiva "Uccelli"dell'UE) che trovano nutrimento nelle acque della laguna; 69 di queste specie sono inoltre legate a quest'area per ragioni riproduttive. Nella sacca orientale della laguna è presente un sito di riproduzione di Airone rosso (Ardea purpurea) ed è inoltre segnalata la nidificazione del Tarabuso (Botaurus stellaris) e del Tarabusino (Ixobrychus minutus).
La fauna ittica presente nella laguna va distinta in migratoria e stanziale. La migratoria è costituita da quelle specie che frequentano la laguna per motivi trofici ma che devono recarsi in mare per la riproduzione; tra queste vi sono quelle che maggiormente interessano l’industria della pesca, quali Spigola, Orata, Anguilla, Sogliola, Cefalo.
Lungo la fascia costiera a macchia mediterranea è presente la Testuggine di Hermann (Testudo hermanni) e sono segnalate alcuni spiaggiamenti di Tartaruga comune (Caretta caretta).
La fascia dunale di Bosco Isola, estesa per circa 1500 ha, è ricoperta per la massima parte da una macchia a sclerofille e da piccole porzioni di bosco a Leccio (Quercus ilex), inoltre sono presenti alcune decine di ettari di stagni retrodunali, le cosiddette fantine, a cui è associata una vegetazione ripariale ed igrofila. La continuità di queste formazioni vegetali e di questi habitat acquatici è frequentemente interrotta, soprattutto sul lato a contatto con la riva del lago di Lesina, da una serie di piccoli appezzamenti coltivati e da altrettante rimesse per attrezzi o edificati di piccoli dimensioni.
L’habitat salmastro presente nelle aree più prossime alla laguna permette la presenza di una vegetazione annua pioniera di Salicornia, di steppe salate, di perticaie alofile mediterraneee e termo-atlantiche e di pascoli inondati mediterranei.
La foresta a galleria di Salix alba e Populus alba è presente in alcuni tratti lungo il basso corso del fiume Fortore, altro biotopo di interesse localizzato ad est della laguna.
